Занепад Запорожжя російський уряд вирішив використати з тим, щоб здійснити умову з Мазепою, і звелів йому, не гаючись, збудувати біля устя річки Самари, на північному її березі, Новобогородську фортецю проти татар і запорожців. Почувши про те, запорожці захвилювалися й спочатку хотіли, було, зброєю обороняти свої віковічні Самарські ліси й пасіки і не дозволяти московської будівлі, та тільки коли Мазепа прийшов до Самари з 20000 козацького війська та 10000 московських стрільців, січовики обмежилися тим, що послали царівні Софії скаргу про порушення їхніх вольностей і, затаївши в своєму серці образу, скорилися.
Спорудження Новобогородської фортеці почалося в березні 1688 року, й, поки воно тяглося, на Січі відбулося кілька бурхливих рад, і на одній із них Грицька Сагайдачного було скинуто з кошевства, а на його місце обрано вдруге Хвилона Лихопоя; та тільки й той протримався недовго, бо восени того ж року замість нього запорожці поставили кошовим Івана Гусака, що перед тим уславився, хоч і дрібними, та щасливими сутичками з татарами.
У серпні 1688 року Новобогородська фортеця була збудована, і там засіла московська залога з комендантом Косоговим; біля окопів було розташовано посад кількістю в 1000 родин. Ті новопоселенці разом із московськими людьми захопили всі запорозькі пасіки, що містилися по лісах над Самарою; вирубували ліси й чинили запорожцям, а найбільше запорозькому Самарському монастиреві всякі шкоди, й через те запорожці завжди вважали будівництво Новобогородської фортеці тяжкою й найбільшою собі кривдою й образою, але, не маючи сили стати на перешкоді, раз у раз дорікали Мазепі за те, що допустив до того.