Починаючи року 1769-го нову війну з Туреччиною, Катерина II прислала Калнишевському і всьому Війську Запорозькому грамоту, в якій, між іншим, писала: “Ми вважаємо (запорожців) найзичливішими нашими підданими й за першої нагоди Височайшу нашу милість всьому нашому вірному Війську Запорозькому Низовому вчинимо”.
Кримський хан Крим-Гірей теж мав надію прихилити запорожців на свій бік і взимку 1768 року без ніякого окупу пустив на Січ усіх запорожців та чумаків з України, що були під час розмиру захоплені в Криму і вже навіть продані в неволю.
Ці заходи нічого не дали, бо перш за все Калнишевський був щирим прихильником російської зверхності й міцно тримав владу у своїх руках; по-друге ж, після виходу із Січі в монастир Пилипа Федорова партія турецької зверхності не мала жодного видатного представника й занепала.
В січні 1769 року кримський хан розпочав війну проти Росії, щоб не зустрітися на поході із запорожцями, обійшов поза Бугом і наскочив на Ново-Сербію. Всі новосербські й пікінерські полки позалишали свої оселі й засіли у фортеці святої Єлизавети; слобожани ж покидали все своє збіжжя й побігли у Чорний ліс. Татари перейшли Буг льодом, попалили всі слободи й Запорозьку Гардову паланку і в лютому вже повернулися назад за Буг.
По весні Калнишевський вислав 38 військових байдаків та 1700 душ товариства під проводом Пилипа Стягайла стежити за ворогами на устях Дніпра та на лиманах; сам же мав думку обороняти південні кордони Запорожжя, та тільки не міг того зробити, бо 9 червня 1769 року він отримав од київського губернатора Румянцева такого листа: “Зважаючи на рух ворогів.до наших кордонів, наказую вам (“повелеваю”) з усім Запорозьким Військом негайно рушити із Січі битим шляхом на фортецю святої Єлизавети й поміж річками Зеленою та Довгою, біля балки Широкої, отаборитись до наступного наказу”.
Таким чином. Військо Запорозьке, якому ніколи не сміли наказувати навіть гетьмани і яке за часів Старої Січі листувалося безпосередньо з державцями, діставало тепер накази від губернатора й мало виконувати їх, хоч би вони були й зовсім нерозумні, як сталось і цього разу.
Як тільки татари довідались, що кошовий із 7350 запорожцями вийшов із Січі на захід, умить же двома ордами наскочили на Запорожжя. Перша хотіла перевезтися через Дніпро біля устя Кам'янки, щоб напасти прямо на Січ, але тут Стягайло з військовими байдаками перешкодив татарам на перевозі і навіть потопив деякі їхні судна разом із людьми. Друга орда таки продерлася крізь російське військо генерала Б ерга, що стояло понад річкою Конкою, наскочила на запорозьку Кальміуську паланку, і хоч запорожці завзято оборонялися, але татари всіх їх перебили й, подавшись на північ, поруйнували Самарську, Протовчанську й Орельську паланки. Полковник Порохня, що був на лівобережних запорозьких землях, мав у всіх паланках всього 1260 козаків, та й ті були розкидані, через те він не зміг оборонити лівобережного Запорожжя, й татари попалили багато зимівників та слобід, забрали в неволю понад 300 душ, і між ними 60 запорозьких дідів-пасічників, та до того, ще зайняли 22 000 голів запорозької худоби, з якої 600 коней самого кошового. Незважаючи на таку небезпеку для Запорожжя, Калнишевський мав був іти на Буг і звідтіля вислати в авангард війська генерала Зорича 1000 запорожців під проводом старшин Андрія Ляха та Олекси Чорного. В серпні із наказу Румянцева, він кинув ще два загони на поміч генералові Зоричу: один під проводом Павла Головатого під Очаків і другий під проводом Андрія Носача - до Дністра.
Таким чином усе Запорозьке Військо було поділене на дрібні загони, воювало без власної ініціативи й було тільки на послугах у війська російського, ведучи йому перед та показуючи шляхи, криниці, місця для таборів тощо. Проте всі відділи запорожців воювали сміло і стали російському військові у великій пригоді, а один з тих відділів, який од Носача перейшов до Семена Галицького, повернувся восени на Січ навіть з великою здобиччю, пригнавши 18 бранців, 20000 коней, 1000 рогатої худоби, 4000 овець та 180 верблюдів. Частину здобичі було одіслано Кошем у подарунок Румянцеву й сенаторам; решту ж поділили військом, як звичайно.
Щасливий ще похід стався в листопаді 1769 року під орудою полковника запорозького Колпака. Він вистежив татар біля річки Вовчої, розгромив їх упень і захопив корогву та 170 коней.
У листопаді Калнишевський із головним військом урочисто вступив у Січ. Наказний кошовий Іван Бурное із старшими дідами зустрів військо верхи біля Багнової могили, коли ж військо наблизилось до самої Січі, то на січових баштах стали палити з гармат.
На зиму запорожці розіслали в степи бекети й поставили на могилах “хвигури”: 1) біля устя річки Кам'янки; 2) на низу Дніпра в урочищі Скалозубовім; 3) за Дніпром, проти Січі, на урочищі Темному; 4) над Дніпром, на Лисій горі; 5) на урочищі Городищі (Кам'яний Затон); 6) в Голій Пристані на Дніпрі; 7) над Дніпром, в урочищі Тарасівському; 8) в урочищі Біленькому; 9 та 10) на Дніпрових островах - Хортиці й Дубовому, що між порогами; 11 - 16) понад Самарою: біля Ново-Богородського ретраншементу, в урочищі Садках, у Вільному, в урочищі Лучині, в Журавському й в урочищі Богдановому. Опріч бекетів біля хвигур, запорожці об'їздили ще сю зиму степи окремими чатами, бо відомо, що вони відвідували річку Гайчур та могили Барабашеву й Токмак.
Доки військо перебувало зиму на Січі, поміж запорожцями знову вибухнуло незадоволення старшиною, найбільше з приводу того, що військо на війні було на послугах російському війську та генералам, які часом поводились із запорожцями і навіть з їхніми полковниками та старшиною дуже нечемно, та ще з приводу того, що Калнишевський, як казали козаки, “підслуговуючись Москві”, покинув без війська східні запорозькі землі й призвів їх до руїни, а чимало товариства - до загину.
У грудні року 1769-го під час обіду в Корсунському курені козак Дорошенко почав дорікати отаману Петрові Остроуху та колишньому кошовому Скапі за те, що вони допомагають “москалеві”, гнітять товариство, і зрештою назвав їх обох зрадниками; після обіду ж, коли Скапа почав Дорошенкові погрожувати, козаки побили Скапу, кажучи, що він, їздивши в Москву “складати закони”, продав запорозькі вольності за того портрета (медаль), що носить на грудях. Калнишевський звелів Дорошенка і всіх, хто бив Скапу, заарештувати, і всупереч із звичаями Війська Запорозького, віддав їх на суд комендантові Ново-Січового ретраншементу. Цим учинком отаман показав, яка різниця була між ним та кошовим Іваном Сірком. Той уперто обстоював незалежність військового запорозького суду од російської влади, кажучи, “як ми видамо одного (самозванця Сімеона), то Москва всіх нас поодинці розтягає”; Калнишевський же сам порушив ту незалежність без вимог навіть із боку російського уряду.
Незадоволення кошовим спалахнуло знову, коли Калнишевський в березні 1770 року виступав у похід. Корсунський курінь не захотів іти слідом за кошовим, вимагаючи, щоб раніше було визволено із в'язниці Дорошенка та його товаришів. Наказний отаман Косап почав умовляти корсунців, але вони, дійшовши до річки Базавлука, отаборилися там і стали вибирати собі нового отамана. Щоб приборкати корсунців, Калнишевський із походу попросив генерала Паніна заарештувати бунтарів російським військом й заслати їх за непокору “на Сиберію”. Так воно й сталося, і чимало запорожців Корсунського куреня загинуло в Сибіру на каторзі.
З цих випадків видно, що Калнишевський, як і колись Мазепа, Самойлович та Брюховецький, підтримав свою владу на Січі не власним впливом на громаду, а силою російського уряду та війська.
Останній вчинок украй одвернув од нього запорожців і в березні того ж року Щербинський курінь змовився, щоб Калнишевського вбити та, обравши кошовим отаманом Пилипа Федорова, перейти під протекцію турецького султана. Змова ця почала поширюватись у війську, та про неї довідався один із січових священиків і застеріг Калнишевського, а той ужив заходів, щоб завчасу загасити бунт.
На початку року 1770-го все Запорозьке Військо було поділене на три частини. Головне військо - 7352 козаків із Калнишевським на чолі було віддане під команду князя Прозоровського. Друге військо - Низове, 2930 козаків - під керуванням військового старшини Третяка - на чотирьох десятках байдаків випливло в лиман під Очаків; нарешті, третя частина війська - 995 козаків - під орудою полковника Порохні стала під команду генерала Берга, військо якого стояло на річці Конці.
З першого війська ватаги комонних запорожців об'їхали всі степи біля Очакова, здобули його передмістя, причому 10 запорожців було вбито та 27 поранено, і дійшли до Дністровського лиману. Виявилось, що татари поховались у фортецях та за Дністром і навіть худобу свою позаганяли так, що запорожцям небагато дісталося здобичі.
Запорозькі байдаки з полковником Третяком ціле літо вишукували ворогів у лиманах і мали зачіпку з турками біля Кінбурзького замку. Зачувши на Кінбурзі стрілянину, з Очакова випливли 11 турецьких кораблів і погнались за запорожцями. Третяк заманив турків до Дніпрових гирл. Зчепився там із ворожими кораблями й невеликими гарматами із своїх байдаків накоїв трьом кораблям такої шкоди, що весь турецький флот мусив тікати назад у Очаків. Восени, повернувшись на Січ, Третяк попросив генерала Паніна, чи не можна б дати Війську Запорозькому хоч дві гармати, які б стріляли так далеко, як турецькі.
Тієї ж осені головний відділ Запорозького Війська ходив під рукою князя Прозоровського під Очаків. Проти нього з фортеці виступила залога в 5000 душ із гарматами, та запорожці разом із донцями та карабінерами розгромили її й захопили здобич: три мідяних гармати, 11 прапорів, пернач та безліч усілякої зброї. Як виходить, цей бій був нелегкий, бо в запорожців загинув курінний отаман Яків Воскобойник та поранило курінного Михайла Дегтяря і двох військових старшин, Івана Бурноса та Пилипа Стягайла.
Після того, як турки й татари були розбиті біля річки Ларги, а пізніше біля Кагулу, татари кинулись тікати із Буджака через Очаків та Кінбурн у Крим. Тут їх вистежив Данило Третяк своїм флотом, розбив деякі їхні загони й захопив 673 душі невільників, здебільшого волохів та жидів, а пізніше напав на самого кримського хана, коли той переїздив через Кінбурнзьку косу й, знищивши військо, що з ним було, відібрав дві корогви та срібну, з позолотою, палицю. Навіть сам хан ледве не дістався йому в бранці. З визволеного полону волохів було поселено на запорозьких землях біля устя річки Сури, - село Волоське, що існує й зараз; жидів же запорожці не захотіли тримати на своїй землі й одіслали в фортецю святої Єлизавети до російського начальства.
Надходила вже зима, а проте низовому загонові запорожців накинули ще нову роботу. Побачивши, що розбите турецьке військо пішло за Дунай, а кримський хан ледве втік у Крим, Буджацькі й Едісанські татари, а далі й Едічкульські та Джамбуйлуцькі, залишившись без турецької оборони, перейшли під владу Росії. Щоб забезпечити перші дві орди від впливу та помсти турків, російський уряд надумав перевезти їх на лівий бік Дніпра разом із їхніми гарбами, худобою та збіжжям. Оту тяжку роботу Панін і накинув на Третяка.
У листопаді запорожці серед криги, що пливла Дніпром, мусили перевозити на військових: байдаках і людей, і коней, і гарби з усіляким збіжжям. Біля Кизикермена козаки таким чином переправили біля 12000 татар та кілька десятків тисяч коней і худоби, але при тому втратили три десятки військових байдаків та застудили чимало товариства.
За службу Запорозького Війська цариця Катерина 5 січня 1771 року видала указ, яким “за отличные в прошлую и нынешнюю камлании отлично-храбрые противу неприятеля поступки и особливое к службе усердие” пожалувала Калнишевському золоту медаль, обсипану самоцвітами, із власним портретом. Таїкі ж медалі, тільки без самоцвітів, були пожалувані; військовому обозному Павлу Головатому, писареві Івану Глобі, хорунжому Якову Качалову, осавулу Сидору Білому, судді Миколі Косапу й військовим старшинам: Івану Бурносу, Андрію Носачу, Андрію Порохні, Андрію Лук'янову, Макару Нагаю, Софрону Чорному, Пилипу Стягайлові, Лук'яну Великому, Олексі Чорному та Василеві Пишличу.
Після цього року у царському дворі стало звичаєм, або, сказати б, увійшло в моду, записуватися вельможам у запорозькі козаки, й першими записались граф Панін та князь Прозоровський.
Цілу зиму, як і попередній рік, запорожці мусили тримати в степах бекети; по весні ж Військо Запорозьке знову поділилось. Кошовий із 6000 козаків та 12 гарматами пішов під Очаків та Хаджибей і мав там три щасливі баталії з ворогами: 21 червня, 15 вересня та 9 жовтня. Друга частина війська попливла байдаками на низ і цього разу не тільки лиманом, а й давнім запорозьким шляхом - на Дунай.
На жаль, тепер військо мало тільки 19 байдаків, бо решта загинула і зіпсувалася під час перевозу через Дніпро татар. З цими суднами 16 квітня 1771 року із Січі вирушив уповноважений радою полковник Яків Сідловський. Незважаючи на свою невелику силу, запорожці пропливли до Килії, а далі, виконуючи накази генералів російського війська, ходили під Тульчу, Смаїлів (Ізмаїл), Браїлів, Мачин, Гірсове та Силістрію й інші міста, які здобувало російське військо. Під Тульчою запорожці, які колись за часів Сагайдачного, штурмували й захопили чотири турецькі кораблі й чимало галер та менших суден, а в гирлах, біля устя Дунаю, добули 8 галер із 26 гарматами. Окрім того, козаки скрізь вистежували турків, нападали на їхні бекети, чимало брали в полон й піднесли славу Війська Запорозького на таку височінь, що вона вже давно не бувала. На жаль, і втрати Війська під час сього походу були великі, й навіть був поранений і помер од ран сам полковник Сідловський.
Третій відділ Запорозького Війська в 500 козаків під проводом Опанаса Колпака був з армією князя Долгорукого і вів їй перед у поході на Перекоп. 21 травня Колпак перейшов Білозерку й, проминувши Каїрку, Виливали, Чорну Долину, Зелену Долину, Чаплинку та Каланчак, подолав недалеко Перекопа Гниле Море й сповістив Долгорукого, що татари засіли в Перекопі й не виходять із нього, хоч запорожці й під'їздили під самі стіни та викликали їх на герць. Опріч того, Колпак дав Долгорукому відомості, де зручніше штурмувати перекопські мури і де й як покопані перед містом рівчаки.
Завдяки таким даним російське військо легко взяло стіну, що йшла од Перекопу до Чорного моря, й атакувало хана з його військом за містом. У цьому бою запорожці взяли діяльну участь, виманили татарську кінноту на російські гармати, а коли кіннота розгубилася - кинулися їх гнати й перебили більше тисячі татар. Баталія скінчилася тим, що Перекоп здався, а хан із рештою війська кинувся тікати, та запорожці ще довго його гнали, маючи бранців і здобич.
Від Перекопу запорожці наступали на Карасубазар, але той здався без змагання, тоді їх було послано через гори на Кафу. В горах запорожці мали запеклі сутички з татарами й, розгромивши їх, захопили чималу здобич.
Прибувши з боєм під Кафу, Колпак діждався, доки підійшло російське військо, й потім узяв зі своїми запорожцями участь у бою під Кафою і в штурмі цієї стародавньої фортеці. Бусурмани були переможені. Хан із яничарами та безліч турків і заможних татар повтікало кораблями в Туреччину. Кафа ж здалася на милість звитяжців.
Під час боїв біля Кафи запорожці захопили три ворожі корогви, булаву й чимало всілякого добра, та тільки все те, як і здобич, здобуту раніше, всупереч із запорозькими звичаями було забрано за наказом російських генералів. З приводу цього Колпак скаржився в рапортах до кошового.
Після Кафи запорожці пішли на Арабатську Стрілку й узяли там штурмом фортецю. Коли ж увесь Крим скорився, Колпака з запорожцями було переведено на устя Дніпра.
За походи 1771 року цариця Катерина знову видала Війську Запорозькому грамоту (22 лютого 1772 року), в якій, вихваляючи його, писала, що милість і ласка її до Війська не тільки надалі не зменшиться, а навіть збільшиться.
По весні року 1772-го Війську Запорозькому знову велено було вислати байдаки на Дунай, і на похід було видано 5000 карбованців. Замість померлого від рани Сідловського, своїм привідцем на цей раз запорожці обрали полковника Мандра. З ним козаки, рушивши із Січі 5 травня, щасливо минули Очаків та Кінбурн, перестояли біля Хаджибея та Акермана негоду й наближалися вже до Дунаю, коли на морі знову знялася хуртовина й, розбивши два байдаки Канівського та Вищестеблівського куренів, потопила їх з усім знаряддям та трьома запорожцями; решта ж ледве врятувалася на інших байдаках.
Прибувши на Дунай, запорожці стали чинити напади на турецькі судна і в боях втратили біля сотні козаків. Тут же відбулося замирення до березня 1773 року, й запорожці, що припливли на байдаках, цілу зиму протрималися на Дунаї.
Головне Запорозьке Військо з Калнишевським на чолі в році 1772-му знову стежило за турками в Очакові. На низу Дніпра плавав із 1000 козаків полковник Рубан. У Перевізькій, на усті Інгульця, стояла запорозька залога з 200 козаками, а полковник Колпак із п'ятьма сотнями був то в Олешках, то на Прогноях; одного ж разу князь Прозоровський викликав його в Ак-мечеть (Сімферополь), бо хоч татари вже й перейшли під російську протекцію, а все-таки були неспокійні й чинили наскоки.
Цього року частина запорожців на Дунаї перебувала під рукою Потьомкіна, і їхнє життя, звичаї та сміливість так йому сподобалися, що він і собі захотів приписатися до запорозького товариства і звернувся з приводу того до кошового листом од 15 квітня 1772 року, в якому, називаючи Калнишевського батьком, просив милостиво зарахувати його до Кущівського куреня.
Запорожці прийняли Потьомкіна до товариства й дали йому січове прізвисько Грицько Нечоса, бо князь носив на голові пишну перуку. Коли Калнишевський видав Потьомкіну атестат на козацтво, той окремим листом йому дякував за те і дав обіцянку завжди оберігати інтереси Війська Запорозького. Вся Січ була задоволена цією одповіддю і, зрозуміло, що нікому тоді й на думку не спало, що саме Нечоса за кілька років згубить Запорожжя.
Наприкінці року 1772-го між російським урядом та. Військом Запорозьким виникла суперечка. Будуючи біля устя Московки Олександрійську фортецю, Новоросійський губернатор Чертков звернувся до Коша з листом, щоб запорожці не перешкоджали забирати на будівлю цеглу, вапно, камінь і мармур, що були у Великому Лузі між річками Кушугумом та Конкою на руїнах стародавніх споруд. На це Кіш одповів, що руїни давніх храмів невідомих народів на островах Великого Лугу на оці Війська Запорозького, і Кіш, як скінчиться війна, думав скористатися тим матеріалом для збудування у Січі великої церкви, а через те, мовляв, просить заборонити інженерам ламати ті будівлі й забирати власність Війська Запорозького. Разом із тим Кіш наказав полковнику Велегурі та Пилипу Сніжку збройне обороняти ту власність та вольності запорозькі біля фортець, які зводилися понад Дніпром та Конкою.
Напровесні 1773 року Калнишевський знову рушив під Очаків, тільки повів за цим разом усього 5000 козаків, бо за чотири роки війни запорожці чимало вже втратили своїх товаришів. За літо вони мали кілька невеликих зачіпок із татарами без особливих втрат.
Полковник Колпак зі своїм відділом перебував під Кінбурном. Там віч воював за давнім запорозьким звичаєм: вистежував, коли турецькі сандали й галери приставали до берега, кидався серед ночі на них, знищував турків під час сну й, постягавши із суден гармати й іншу здобич на берег, судна спалював. Так було потоплено й спалено у різних місцях 5 турецьких кораблів. При тому траплялися й криваві сутички, коли запорожцям доводилось одверто плече в плече йти на бусурманів, і козаки знову тут себе прославили. В одному з таких боїв було поранено полковника Малого в руку, писаря Маєвського в щоку, а товариства вбито було 16 та поранено 110.
Коли після останнього бою настала ніч, Колпак звелів пішим козакам облягати турків, щоб не дати їм утекти, та незадоволена втратами піхота збунтувалася й побила самого Колпака, дорікаючи йому за те, що багато стратив товариства без користі й що за чотири роки війни козаки украй зубожіли.
Того ж року Дунайський запорозький флот із полковником Мандром багато завдав шкоди туркам під Силістрією, перешкоджаючи їм перевозитися з одного берега Дунаю на інший; коли ж Румянцев почав штурмувати Силістрію, то й запорожці, вилізши з байдаків, наступали з річки і, захопивши декілька окопів, вдерлися в передмістя. Під час цього штурму був поранений і невдовзі помер запорозький полковник Дукич.
Із початком року 1774-го Військо Запорозьке знову виступило з Січі кількома відділами: 3000 козаків під проводом колишнього судді Івана Бурноса та 2000 - під проводом Порохні оточили Очаків і мали там з турками дрібні сутички. Серед літа Порохню з його полком та Колпака з кіннотою князь Долгорукий викликав до Криму, бо там турки висадили своє військо й баламутили татар. Козаки з полковником Мандром, як і торік, воювали на Дунайських гирлах.
Незважаючи на те, що війна тривала вже п'ятий рік, запорожці все-таки билися рішуче й намагались підтримувати свою славу, сподіваючись, що вірною, кривавою службою вони заслужать од цариці повернення військових, одібраних під слав'янські оселі, земель. Ласкаві реляції й листи графа Румянцева, князів Прозоровського, Долгорукого, Потьомкіна й навіть самої Катерини подавали їм на те певну надію. Потьомкін навіть так захопився запорожцями, що 22 травня 1774 року подарував товариству 38 кашоварних казанів на всі 38 куренів, натякаючи в листі, що ті найкращого виробу казани будуть ознакою його приязні та любові до Війська Запорозького, які непорушне підтримуватимуться ним завжди.