Нагла смерть Брюховецького, в якій запорожці звинувачували Дорошенка, викликала на Січі незадоволення. Адже то був ставленик запорожців, і хоч його проголосили січовим зрадником, та все-таки кара без військового суду була образою для Війська Запорозького, і багато запорожців зненавиділо Дорошенка. Під впливом військового писаря Суховієнка, на прізвище Вдовиченко, січовики стали гомоніти, що Дорошенку дісталася булава неправдиво й що обрання гетьманів, як і споконвіку бувало, має відбуватися на Січі, а не в містах України. Підмогоричена січова голота скликала раду й наставила Суховієнка гетьманом.
Щоб надати собі більшої ваги, новий гетьман звернувся до кримського хана через посланців, щоб той признав його владу. Ханові була вигідна така покора запорожців, і він передав Дорошенкові наказ, щоб той підлягав Суховієнкові й разом із ним витісняв російських людей з України. Ображений Дорошенко зовсім відмовився йти за Дніпро, а боярин Ромодановський, не маючи спротиву, так залякав наказного гетьмана, чернігівського полковника Демка Многогрішного, що той без допомоги Дорошенка мусив піддатись Росії з усім Лівобережжям.
Суховієнко, як і Брюховецький, не виправдав надій запорожців. Замість того, щоб виступити проти Ромодановського, він разом із татарами почав воювати зі своїми братами, аби лише забрати булаву в Дорошенка.
Дорошенка стали притискати водночас: поляки, росіяни, татари й запорожці, хоч у спілці були тільки двоє останніх. Не бачачи порятунку, Петро Дорошенко по весні 1669 року скликав на річці Росаві велику козацьку раду й там умовив козаків перейти під протекцію султана з умовою, щоб Україна була об'єднана й сама вільно порядкувала за давніми звичаями; за цю поміч треба було платити тільки данину. Але султан вимагав іще, щоб Дорошенко впустив у Чигирин та Кодак по 1000 яничарів. Колишній гетьман на це згоди не дав, і через те його умова із султаном не була підписана, а лишилася лише розмовою.
Війна Суховієнка з Дорошенком тривала недовго, бо його підрізав полковник Сірко. Запорожці, побачивши, що їм доводиться спільно з татарами бити своїх же братів, незабаром почали цуратися такого ватажка, а запеклий ворог бусурманів Іван Сірко тим часом зібрав навколо себе все запорозьке товариство, неприхильне до Суховія, пішов Дорошенкові на поміч і під містечком Ольхівцями так розбив татар і Суховія, що січовий гетьман ледве врятувався з кількома товаришами, а татар там полягло аж 4000 душ.
Наприкінці року 1669-го, доки Сірко із запорожцями перебував на Україні, Суховієнко знову поєднався з деякими татарськими ордами, прийшов Чорним Лісом під Чигирин і хотів його здобути; спільник же його - кримський хан, знаючи, що Січ лишилася майже порожня, послав тисячне військо, щоб зруйнувати козацьке гніздо. І хоч там було обмаль запорожців, та кошовий отаман Курило відбив цей напад і знищив багато татар та потопив у Дніпрі. Суховієнко, почувши про вчинок кримського хана, обурився і, посварившись із колишніми приятелями - татарськими мурзами, вернувся на Січ.
Не встиг Дорошенко позбутися Суховієнка, як на Україні знову незадоволені запорожці підняли проти нього правобережні полки: Уманський, Кальницький, Паволоцький та Корсунський. Козаки тих полків, зібравшись на раду в Умані, проголосили гетьманом Михайла Ханенка, після чого, склавши спілку з татарами, почали воювати проти прихильників Дорошенка.
Опинившись у дуже скрутному становищі, Дорошенко все-таки викликав останні правобережні полки й виступив проти своїх ворогів під Стеблевом, та військо Ханенка разом із татарами оточило його з усіх боків, плюндруючи навколишні міста й села.
Іван Сірко, який не брав участі в цьому розбраті, збагнувши, яку руїну роблять на Україні спільники Суховія й Ханенка - татари, згуртував біля себе кілька тисяч запорожців і, наблизившись до Стеблева саме під час рішучого бою, вдарив на Дорошенка з тилу й нагнав на татар такого страху, що ті кинулися врозтіч, а за ними побігли Суховій та Ханенко зі своїми прихильниками.
Упоравшись із Ханенком та Суховієм, Дорошенко хотів знову забрати Лівобережжя й послав туди полковника Гамалію з козаками. Многогрішний виставив лівобережних козаків, але Гамалія розгромив їх. На тому Дорошенко звелів закінчити битву, бо Військо Запорозьке з кошовим отаманом Лукашем Мартиновичем надіслало листа, в якому докоряло за те, що він проливає братню кров.
Таким чином, після смерті Богдана Хмельницького у Війську Запорозькому не було єдності й однодумства. Воно хотіло вершити на Україні справи й наставляти гетьманів, та з того нічого доброго не виходило, бо між запорозьким товариством усе менше ставало освічених людей, що розуміли б складне тогочасне становище і своїм впливом вели б козацтво до певної мети, як це робили колись князь Вишневецький, Самійло Кішка, Богданко та Сагайдачний. Ставленики запорожців Брюховецький, Суховієн-ко та Ханенко нічого не принесли своєму рідному краєві, крім лиха; завзятий же запорозький ватажок часів руїни Іван Сірко, не маючи ніякої освіти, навіть неписьменний, не міг зрештою взяти запорозьке товариство під свою руку. Все життя він, хоч і щиро, обстоював ідею незалежності України від сусідів, та не вмів користуватися з обставин і проводив лише давню політику січового лицарства у сліпій ворожнечі до татар і турків.
Року 1670-го чутка про те, що Дорошенко піддався турецькому султану, вже полинула на всю Україну і зменшила кількість його прихильників. Від нього відсахнувся навіть щирий його приятель та побратим Сірко. З такого становища й намислив скористатися Ханенко, щоб зовсім скинути Дорошенка й відібрати у нього гетьманську булаву.
У відносинах із Польщею Дорошенко твердо стояв на тому, щоб зберегти повну автономію України, й через те з перших же кроків свого гетьманування збройною рукою не пускав на свою рідну землю польського війська, наполягаючи на поновленні Гадяцьких умов. Це дуже не сподобалося королеві, й він весь час або воював із Дорошенком або робив усякі заходи, щоб позбутися непокірного гетьмана. Тоді ж Ханенко й написав королеві, що має на своєму боці все Запорозьке Військо і, як тільки король затвердить його на гетьманстві, то він зовсім не обстоюватиме Гадяцьких умов і навіть пустить на Україну польське військо та польських панів. У зносинах Ханенка з королем йому дуже допомагав кошовий отаман Війська Запорозького Грицько Пелех, який із кількома старшинами їздив у Варшаву.
Королеві припали до серця запевнення Ханенка, і він, за згодою сейму, проголосив 22 грудня 1670 року того гетьманом України й через Пелеха переслав йому на Січ клейноди. З тим запорожці із Ханенком вийшли на Україну, підмовили на свій бік три західних козацьких полки й зчинили заколот серед козаків Правобережжя.
Утиснутий з одного боку російським військом та гетьманом Многогрішним, з другого - поляками й гетьманом Ханенком, Дорошенко зрештою перейшов під протекцію султана й просив у нього помочі, щоб одбити ворогів; на Січ же він надіслав листа з поясненням, що зважився на цей крок через те, що Андрусівською умовою Польща виторгувала собі Правобережжя в царя, не спитавши її згоди; а так продають і купують лише безмовну тварину, тому Дорошенко має за ганьбу скоритися такому торгові.