Тим часом на Січ прийшло кілька московських полковників із відділом державного війська. Поділившись на кілька гуртків, вони винесли з паланки військові клейноди, вивезли із Січі військову канцелярію, забрали в пушкарні зброю, пограбували гроші в скарбниці, сукна та всілякий військовий припас, а зрештою заглянули в церкву й, піднявши святий престол, дістали з-під нього шухлядку з найдорожчими військовими документами й передали її Текелію.
Побачивши, що начальники забрали із церкви шухлядку, донські козаки зрозуміли те так, що їм можна погріти біля церкви руки, і, вскочивши в неї, позривали з образів понавішувані на них золоті хрести, золоті та срібні медалі, а кому того не вистачило, то почали здирати з образів срібні ризи, а коли й того не стало - одірвали срібну царську браму й, побивши та порубавши її на шматочки, порозтягали по кишенях. Старі січовики плакали, дивлячись, як гинуть їхні святощі, та було вже пізно: спинити чужих людей, які хазяйнували в Січі, вони вже не мали сили.
В народних піснях так оспіване руйнування Січі:
Світ великий, край просторий, та ніде прожити:
Славне військо Запорозьке хотять погубити.
Ой, цариця загадала, а Грицько пораїв,
Щоб зігнати запорожців та аж до Дунаю.
Вже ж на річці Базавлуці і москалі стали,
Славні ж хлопці-запорожці пили та гуляли.
Ой, вже ж москаль Запорожжя кругом облягає,
А наш батько Калнишевський того й не гадає.
Ой, із Низу, із лиману вітер повіває,
А вже ж москаль, а вже ж москаль Січу обступає.
Васюринський-козарлюга не п'є, не гуляє
Та свойого отамана рано пробуждає.
“Та встань, батьку-отамане, кличуть тебе люде,
Ой, як станеш ти на башті, москаля не буде!”
А москалі не дрімали, запас одбирали,
А московськії старшії церкву грабували:
Та беруть срібло та беруть злото, восковії свічі.
Ой, заплакав пан кошовий з старшиною в Січі.
Ой, вийшов же пан кошовий та на круту гору:
“Не руйнуйте, люди добрі, хоч Божого дому!”
Запорозькі отамани, як орли, літали,
Свого батька кошового вірненько благали:
“Позволь, батьку-отамане, нам на башти стати,
Ні одному генералу з плеч головку зняти!
Москаль стане лагерями, а ми куренями,
Москва стане із штиками, а ми з кулаками,
Ой, щоб слава не пропала поміж козаками!”
“Не дозволю, миле браття, вам на башту стати;
Однакове християнство - грішно вигубляти!”
А вже ж уступила одна дивізія та серед самої Січі -
Ой, взяла ж вона січові гармати, всі козацькі здобичі.
Ой, крикнув же та Калниш кошовий, та стоячи серед церкви:
“Прибирайтесь, славні запорожці, так, як би ік смерті!”
Ой, крикнув же та Калниш кошовий, та стоячи на дзвіниці:
“Гей, відкидайте, славні запорожці, списи та рушниці!”
Ой, пливе щука з Кременчука, розбита із лука…
Ой тепер же нам, Калниш кошовий, з тобою розлука!
Ой, пішли, пішли славні запорожці та не пішки - дубами,
Ой, як оглянуться до славної Січі, умиються сльозами.
За кілька днів після одібрання зброї запорожцям звелено було розходитись, хто куди знає, а згодом, коли небораки розбрелися, Текелій, лишивши на Січі полк драгунів, щоб не пускати запорожців назад, пішов зі своїм військом геть, а Січ передав князеві Прозоровському. Той же доручив остаточне руйнування Січі полковникові Норову, й він догодив йому так, що зоставив на місці Січі самі тільки окопи. Курені він порозламував і деякі з них перевіз до Микитина, побудувавши з них гамазеї, а деякі попродав селянам, запорозьким підданцям, які на тому місці, де був Січовий Шамбаш, незабаром населили цілу слободу Покровську, що тимчасово звалася навіть містом Покровським. Пушкарню й скарбницю було завалено й засипано землею так, що й одшукати їх тепер неможливо, а всю Січ узагалі Норов перекопав, шукаючи грошей, тому його прозвали запорожці Норою. Кіш січовий Під-пільня згодом замулила так, що його тепер зовсім немає; нарешті, князь Вяземський, якому дістались обидві Січі з усіма лугами й степами, почавши будувати свої економії, побив на січовому цвинтарі всі каплички, надгробки й хрести й забрав їх на підмурки до будинків; збереглося тільки небагато запорозьких хрестів, і то не в Січі, а поза окопами на кладовищі.
Невдовзі од Січі Запорозької лишилися тільки оголені та перекопані окопи, і 3 серпня року 1775-го цариця Катерина окремим маніфестом оголосила по всій Росії, що “Січ Запорозька дощенту вже зруйнована й саме ймення запорозьких козаків надалі не повинне вживатися та згадуватись”.
Доля Калнишевського, Глоби й Павла Головатого була дуже сумна. Протримавши їх рік у Московській в'язниці, неначе для слідства, Потьомкін 14 травня 1776 року подав цариці рапорт про те, що “вероломное буйство” тих запорозьких старшин “столь велико, что по всяким законам они заслужили по всей справедливости смертную казнь”, а проте, не бажаючи їхньої смерті, Потьомкін радив цариці замість смертної кари кинути їх у неволю до північних монастирів.
З великою таємницею і під пильним наглядом Калнишевського було перевезено до Архангельська, а далі в Соловецький монастир, і там вкинуто у вогкий та холодний льох під монастирською баштою. До стелі в тому льоху біля дверей - три аршини, а в другому кінці - тільки півтора. Світла майже зовсім не було. Утримувати кошового наказано ігумену дуже суворо, і з льоху його виводити на монастирські трапези тільки тричі на рік: на Великдень, на Спаса та на Різдво, та й у ті дні йому не дозволяли розмовляти з сторонніми людьми.
У такій тяжкій неволі Калнишевський пробув 25 років, і тільки за указом Олександра І від 15 березня року 1801-го кошового отамана було помилувано, та він не мав сили скористатися волею і лишився до смерті в Соловецькому монастирі. Помер він на 112-му році життя 31 жовтня 1803 року. Згодом над домовиною Калнишевського покладено надгробок із таким написом: “Здесь погребено тело в Бозе почившего кошевого бывшей некогда запорожской грозной Сечи Казаков Атамана Петра Калнышевского, сосланного в сию обитель по Высочайшему повелению в 1776 г. на смирение. Он в 1801 г. по Высочайшему повелению снова был освобожден, но уже сам не пожелал оставить обитель, в коей обрел душевное спокойствие смиренного христианина, искренно познавшего свои вины. Скончался 1803 года, октября, 31 дня в Суб. 112 лет от роду смертию, благочестивою, доброю. Блаженни мертвий, умирающие о Господе. Аминь. 1856 г. А. А.”.
Народ український, що впродовж кількох століть мав у Військові Запорозькому заступника й оборонця своїх прав, а в часи недолі, міцний та затишний притулок, гірко оплакав скасування Січі::
Та ще не світ, та ще не світ, та ще не світає,
А вже ж москаль Запорожжя та кругом облягає.
Ой, облягши Запорожжя, став степ межувати,
Ой, став городи, панські слободи по річках саджати…