В качестве подготовке к войне сайлоны начали повсеместное проникновение в ключевые компоненты обороны и промышленности на всех Двенадцати Колониях. Это внедрение было настолько успешным, что сайлоны получили под полный контроль несколько военных кораблей, арсеналов и военных баз. Тревожные сигналы о неполадках в сигналах управления, помехах и другой подозрительной активности проникли в Штаб командования флота на Пайконе и Аерелоне. К тому моменту, когда было принято решение расследовать нарушения в связи, сайлоны нанесли удар. Ядерное устройство, пронесенное на борт орбитального комплекса Лето, сработало в 4.43 пополудни 4 июля 124 года, уничтожив 15 тысяч человек, стало началом разрушительной войны, длившейся более десяти лет.
Атаки сайлонов на все Колонии, на каждый город, начались практически одновременно. Особенно жестокими они были на Таурон и Пайкон, Колонии, где располагались Штаб командования флота и основные производственные мощности военно-промышленного комплекса, необходимые сайлонам для продолжения войны. Ключевые объекты на Тауроне были захвачены за считанные часы после начала атаки. Пайкону повезло меньше. Первая волна сайлонов застала оборонные силы Пайкона абсолютно не готовыми к бою. К тому моменту, когда вооруженные силы смогли организоваться и отойти на укрепленные позиции вокруг Штаба, половина Пайкон-Сити была уже в руках сайлонов. К концу первого дня число жертв среди гражданского населения исчислялось сотнями тысяч. Становилось ясно, что это война не захват, это война на тотальное уничтожение.
Вместо открытых столкновений на поле боя, сайлоны повсеместно прибегли к тактике террористических атак со скрытых баз, возведенных в последнее время в различных уголках Содружества. Неожиданные появления сайлонов были замечены на Виргоне, Либрисе и Геминионе. Доклады о взрывах на правительственных и военных объектах на всех Двенадцати Колониях непрерывно стекались на Каприку, куда было переведено все Командование Силами Обороны. За одну ночь все государственные учреждения на всех колониях превратились в укрепленные оборонительные сооружения. Правительство, шокированное такой скорой и неожиданной атакой сайлонов, действовало очень быстро. Президент Яланн немедленно провозгласил военное положение на всех Колониях.
Президентский Указ предписывал уничтожить и переработать в сырье все «незараженные» кибер-единицы независимо от места и времени их изготовления. В полночь 5 июля 124 года Кворум Двенадцати объявил, что Двенадцать Колоний и нация сайлонов находятся в состоянии войны.
В течении следующего года осада Пайкона превратилась в совершенно ужасный метод ведения боевых действий — потери пехотинцев достигли сотен тысяч, когда сайлоны волна за волной накатывались на оставшихся защитников. Несмотря на продолжающиеся успехи сайлонов, героическое сопротивление Колониальных сил обороны заметно понизило их темп. В то же время, неутешительные новости с Пайкона и крушение экономики вызвали панику и мятеж в Каприка Сити. Только жесткое вмешательство вооруженных сил смогло остановить беспорядки. Весь резервный фонд Колоний, так же как и основные отрасли промышленности перешли под контроль Правительства.
На Пайкон были направлены дополнительные силы для эвакуации гражданского населения, находящегося на подконтрольных Колониальным Силам территориях. Пайкон и Таурон стали основными театрами боевых действий. Прибывшее вовремя подкрепление ослабило натиск сайлонов и установило некоторое равновесие. Однако, для того, что бы переломить ход войны и из-за возрастающих потерь, требовалось больше пехотинцев, чем мог дать Резерв. Поначалу на призыв Правительства откликнулось не так уж и много добровольцев, но ужасные события на Пайконе всколыхнули волну патриотизма и единства и со временем количество добровольцев возросло многократно. Даже на Сагитароне сторонники идеи отделения от Колоний замолчали перед лицом смертельной опасности.
Через два года после начала боевых действий первые добровольческие силы были посланы на Пайкон, но несмотря на это, Колонии не смогли переломить течение войны, отражались атака за атакой, иногда за счет огромных людских потерь, но равновесие поколебать не удалось. За небольшие участки земли Колониям приходилось платить очень высокую цену.